FAT16
Compatível com praticamente todos os sistemas operacionais e também dispositivos como câmeras, palmtops, celulares e mp3players.
A versão original do Windows 95 suportava apenas o FAT16, obrigando quem possuía HDs maiores que 2 GB a dividi-los em duas ou mais partições e lidar com o desperdício de espaço causado pelos clusters de 32 KB.
FAT32
A principal evolução foi o uso de endereços de 32 bits para o endereçamento dos clusters, o que possibilita a criação de partições muito maiores, de até 2 terabytes. Isso foi possível por que o Windows 95 era um sistema de 32 bits, ao contrário do MS-DOS e do Windows 3.1, que eram sistemas de 16 bits.
NTFS
Clusters usando endereços de 64 bits.
Como cada setor possui 512 bytes, o tamanho de cada cluster usando NTFS também poderá ser de 512 bytes, independentemente do tamanho da partição.
O Sistema NTFS é que os nomes de arquivos e pastas utilizam caracteres em Unicode, em vez de ACSII. O ASCII é o sistema onde cada caracter ocupa 1 byte de dados, mas são permitidas apenas letras, números e alguns caracteres especiais. No Unicode, cada caracter ocupa dois bytes, o que permite 65 mil combinações, o suficiente para armazenar caracteres de diversos idiomas. Isso permite que usuários do Japão, China, Taiwan e outros países que não utilizam o alfabeto ocidental, possam criar arquivos usando caracteres do seu próprio idioma, sem a necessidade de instalar drivers e programas adicionais.
Ferramenta de recuperação: CHKDSK
EXT3
O EXT3 é atualmente o sistema de arquivos mais utilizado no mundo Linux. Usado por padrão pela grande maioria das distribuições.
Ferramenta de recuperação: FSCK
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